Las zonas de vida representadas en el parque son el Bosque Pluvial Montano y el Bosque Muy Húmedo Montano Bajo. Existen 4 hábitats principales: el bosque nuboso que rodea la laguna Botos y la parte trasera de Potrero Grande donde predominan el papayillo, el azahar de monte, el roble y especies de ciprecillos.En las laderas del sector caribeño, los bosques son más altos y muy húmedos ricos en palmas, helechos arborescentes y epífitas. El bosque achaparrado o enano se observa a lo largo del sendero entre el Cráter Principal y la Laguna Botos; las especies predominantes son azahar de mote, tucuico y copey.
Los arrayanes predominan cerca del mirador del cráter y en el primer trecho del sendero natural hacia la Laguna Botos. Áreas con escasa vegetación, en los alrededores del cráter, donde viven especies como el helecho lengua de vaca.
Aunque la fauna en general es escasa, se ha identificado 79 especies de aves, entre ellas escachero, colibríes, quetzal, pava negra, comemaíz, tucancillo verde, saltón de patigrande y saltón de muslos amarillos.Los mamíferos no son abundantes en las tierras altas del parque; sin embargo, se encuentran musarañas, comadrejas, conejos, ardillas, coyotes, ranas, sapos, salamandras, serpientes e insectos.
